После разделов Речи Посполитой в конце XVIII века эти земли вошли в состав Российской империи и повидали не мало битв и сражений. Восстания против царских властей, война с Наполеоном и Первая мировая война оставили здесь свои следы в памятниках, историях и легендах.
В 20-30-е годы XX века эти территории получили глоток спокойствия перед бурей Великой Отечественной войны. Озерские леса во время войны были настоящим партизанским краем, благодаря густым лесам и непроходимым болотам и помнят трагедии сожженных карателями деревень и героизм местных жителей и партизан.
После войны развитие региона было таким же как и во всем Советском союзе, люди жили, мечтали, строили свое будущее. В нашей стране всегда было понимание значимости природы для человека, уважения к ней и необходимости ее сохранять. В итоге 5 марта 1990 года на территории Гродненского и Щучинского районов Гродненской области согласно Постановления Совета Министров Белорусской ССР № 48 «Об образовании государственных заказников «Низовье Случи», «Докудовский» и «Озеры» был образован Государственный ландшафтный заказник «Озеры».
Создавался заказник с целью сохранения в естественном состоянии ценных экологических систем и уникальных природно-ландшафтных комплексов с участием дикорастущих растений и диких животных, относящихся к видам, включенным в Красную книгу Республики Беларусь.
После некоторых изменений и уточнения границ, таких как:
- Постановление Президиума Верховного Совета Республики Беларусь от 12 декабря 1994 г. «Об изменении границ Государственного ландшафтного заказника «Озеры»;
- «Положение о республиканском ландшафтном заказнике «Озеры» от 27 декабря 2007 г. № 1833 принятого Советом Министров Республики Беларусь, по которому заказник из государственного превратился в республиканский. Тогда же для управления заказником было создано Государственное природоохранное учреждение.
- "Постановление Совета Министров Республики Беларусь за № 142 о «Границы, площадь и состав земель республиканского ландшафтного заказника «Озеры» от 19 февраля 2016 г., его территория приобрела современные границы и общую площадь в 23 364,05 гектара.